L’activitat principal del Museu Geològic del Seminari de Barcelona és l’estudi dels fòssils i la divulgació de la paleontologia.
El Museu és propietat de l’Arquebisbat de Barcelona i fou fundat l’any 1874, si bé té com a precedent el Gabinet d’Història Natural, creat el 1817 i incorporat posteriorment a la Biblioteca Episcopal.
Descobreix l’origen del MGSB en aquesta cronologia al llarg de més de 150 anys d'història.
El primer director del Museu fou el Dr. Jaume Almera (1845-1919), que s’introduí en el món de la geologia de la mà de J. J. Landerer, geòleg i astrònom de Tortosa, qui li ensenyà la geologia pràctica (regió de Morella) i apadrinà la seva entrada a la Société Géologique de France l’any 1877. El 1885, per encàrrec de la Diputació de Barcelona, es dedicà a la confecció del mapa geològic de la província de Barcelona, que encara avui és d’ús habitual i ha estat molt elogiat per científics tant nacionals com estrangers. El 1898 aconseguí que la Société Géologique de France celebrés una reunió extraordinària a Barcelona, en la qual el Museu tingué un paper destacat. Almera publicà importants monografies paleontològiques sobre els fòssils del Miocè i sobre els terrenys pliocens propers a Barcelona, avui gairebé desapareguts a causa de la pressió urbanística. El seu nom es perpetua en el nou edifici del CSIC, projectat el 1965 i inaugurat posteriorment.
A la seva mort, el Museu passà per moments difícils, ja que qui havia estat preconitzat com a futur director, Mn. Norbert Font i Sagué, havia mort el 1910 a causa del tifus. Font i Sagué fou un científic destacat, introductor de l’espeleologia a Catalunya i autor d’un Curs de geologia en català.
L’any 1926, Josep Ramon Bataller (1890-1962) assumí la direcció del Museu, donant continuïtat a l’obra del Dr. Almera. Durant la Guerra Civil, la institució patí una devastació total, i Bataller n’emprengué la reconstrucció heroica. A més, esdevingué el primer catedràtic de Paleontologia de la Universitat de Barcelona (1955), doctor honoris causa per la Universitat de Tolosa i membre de diverses societats científiques. En la seva trajectòria investigadora destaquen els estudis sobre els fòssils del Mesozoic, d’importància cabdal, especialment els treballs sobre els coralls cretacis. Mantingué una relació destacada amb l’Instituto Geológico y Minero de España (IGME), identificant fòssils i estudiant i redactant diverses fulles del mapa geològic nacional a escala 1:50.000. El 1951 s’incorporà al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). La vinculació entre el CSIC i el Museu assolí el seu màxim desenvolupament amb el seu successor, el Dr. Via, amb la creació, el 1966 i dins mateix del Museu, de la Secció de Bioestratigrafia del CSIC.
L’any 1962 el Dr. Lluís Via (1910-1991) substituí el Dr. Bataller en la direcció del MGSB. El Dr. Via havia estat professor auxiliar del Dr. Bataller. La seva tesi doctoral, guardonada amb el premi extraordinari, versà sobre els crancs de l’Eocè espanyol, àmbit en el qual esdevingué un especialista de renom internacional. Durant la seva direcció el Museu s’enriquí en tots els aspectes, tant materials —amb noves dependències— com científics, amb més vitrines i una biblioteca especialitzada, i es treballà per obrir-lo als estudiosos i als afeccionats rigorosos. Durant el seu mandat se celebrà degudament el centenari del Museu.
Després de la mort del Dr. Via, la direcció del Museu passà al Dr. Sebastià Calzada, especialista en braquiòpodes i gasteròpodes cretacis, que es doctorà l’any 1975 amb una tesi sobre els braquiòpodes del Cretaci del llevant peninsular. Calzada és autor de nombrosos articles de caràcter paleontològic i impulsà la projecció divulgativa del Museu, especialment en l’àmbit exterior, mitjançant revistes especialitzades, tot insistint en la recerca i la seva posterior difusió. En aquest sentit, cal destacar la tasca del professor Francesc Carrasco (equinoïdeus), de Ramon Mañé (1921-2018) (peixos), dels Srs. Magrans i Ferrer (fauna paleozoica), del Dr. Antoni Abad (fauna eocènica) i de Joan Corbacho (trilobits del Marroc). A més, impulsà i consolidà l’Associació d’Amics del Museu (1994) amb l’ajut de Mn. Santiago Casanova (1922-2011), col·laborador del Museu des de l’etapa del Dr. Bataller i primer president de l’Associació. També facilità a Josep M. Asensi la creació de la Sala Carles, de finalitat didàctica, inaugurada l’any 2000.
Al 2009 li va ser concedida al MGSB la "Creu de Sant Jordi de la Generalitat de Catalunya" en reconeixement a la valuosa tasca científica.
Al 2022 el MGSB fou distingit per l’Ajuntament de Barcelona com a entitat centenària amb una trajectòria estretament vinculada a la ciutat.
A més, el Museu col·labora amb: